一般诊断包括病史采集（内、外、产科病史、代谢病史、关于感染、子宫内有无异物存放、有无药物中毒、接受放射治疗等），体格检查和盆腔检查应注意子宫的大小和位置、附件情况，测定基础体温，检查子宫内膜，必要时做子宫输卵管造影、宫腔镜和腹腔镜检查。实验室检查包括血细胞计数、血沉、血型和精液常规。
导致流产的内分泌异常的内分泌诊断包括妇科和内分泌的内分泌异常。妇科内分泌异常包括最常见的，如黄体功能不全、高泌乳素血症和多囊卵巢综合征。妇科内分泌异常通过基础体温（BBT）、子宫内膜活检、激素测定和血清催乳素（PRL）测定进行检查；内分泌异常主要是糖尿病和甲状腺功能异常，相关疾病和激素也要检查。
应对配偶双方进行疑似遗传性疾病的基因检测，进行核型分析或额外的遗传研究，并绘制夫妻双方的家谱。
还应进行流产后妊娠材料的解剖病理和细胞遗传学研究。
免疫性流产的免疫学检查包括同种免疫性疾病和自身免疫性异常。最常见和最有用的测试是异体免疫性疾病的筛查，如抗体筛查和伴侣HLA匹配。在免疫异常的情况下，要检查母亲的身体是否存在抗体，如抗磷脂抗体、抗精子抗体、抗孕酮抗体和抗雌激素抗体。
对于疑似免疫性流产的妇女，可采用混合淋巴细胞培养反应（MLR）和淋巴细胞毒性抗体来区分原发性流产和继发性流产，以及抗精子抗体和血型及抗血型抗体。
