1. 不孕：约50%的患者伴有不孕。在不明原因的不孕症患者中，约30%-40%的患者患有子宫内膜异位症，这通常是由病变引起的盆腔肿块等因素造成。
2. 痛经。临床特征为进行性痛经，多为继发性。部分痛经较重，难以忍受，需卧床休息或用药止痛，疼痛常随月经周期加重，月经结束后消失。
3. 周期性直肠刺激症状：直肠、肛门和外阴部肿胀和疼痛，大便次数增加。
4. 月经不调。患者常有月经周期缩短、月经量增多或月经期延长，这表明卵巢功能障碍。
5. 性交疼痛。当阴道穹窿部有异位子宫内膜结节、直肠凹陷结节或粘连，或盆底有卵巢粘连时，可发生性交疼痛。
6. 周期性的膀胱刺激症状。当病变累及膀胱腹膜反折处或侵入膀胱肌层时，会同时出现经期尿急和尿频等症状。如果病变侵入膀胱粘膜（膀胱内膜异位症），会出现周期性血尿和疼痛。
7. 月经期间或前后的急腹症：通常是具有穿透性的卵巢子宫内膜囊肿，大多数患者因卵巢囊肿扭转或异位妊娠而接受紧急手术。
8. 周期性下腹不适。这种症状比痛经更频繁，常出现在没有痛经的子宫内膜异位症患者中。它存在于病情较轻的患者，或一些病变较重的患者，但由于个体疼痛阈值的差异或其他原因。
9. 腹壁和脐部瘢痕处的子宫内膜异位症表现为周期性的局部肿块和疼痛。
10. 在直肠窝、子宫骶骨韧带或宫颈后壁常可触及1-2个或更多的小硬结，如绿豆或黄豆大小，多为触痛，肛门检查时更为明显。
